Vào năm 2001, chỉ vài tuần sau khi xảy ra vụ khủng bố 11 tháng 9 tại Hoa Kỳ, Trung Quốc đã công bố tài liệu nói về hơn 40 nhóm Đông Turkestan mà Trung Quốc gọi là các nhóm khủng bố, hoạt động ở bên trong cũng như bên ngoài lãnh thổ Trung Quốc. Tài liệu này cũng cho rằng các nhóm Đông Turkestan có liên hệ vối al-Qaida, và cho thấy các thành viên sắc tộc Uighur của các nhóm này đã được huấn luyện và nhận tài trợ từ Afghanistan.
Uighur là sắc tộc thiểu số trong tỉnh Tân Cương xa xôi của Trung Quốc. Nhiều người Uighur không hài lòng với chính sách của Trung Quốc tại Tân Cương và họ ủng hộ thành lập một nhà nước Đông Turkestan độc lập tại Tân Cương.
Cũng trong tập tài liệu của Trung Quốc, Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan được kể là một trong 8 tổ chức chủ trương bạo động tại Trung Quốc. Tài liệu nói rằng tổ chức này, cùng với lãnh tụ, là Hassan Makhsum, làm việc với Osama bin Laden tại Afghanistan, nhận tài trợ và được huấn luyện tại các trại của Osama bin Laden.
Sau đó, vào tháng 2 năm 2002, Trung Quốc lại công bố một tài liệu khác, nói rõ hơn về những tổ chức mà Trung Quốc gọi là các lực lượng khủng bố Đông Turkestan, trong đó có Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan, đổ cho các nhóm này đã gây ra hơn 200 vụ ở Tân Cương trong khoảng thời gian từ 1990 đến 2001.
Hoa Kỳ đặt tổ chức này vào danh sách các nhóm tài trợ cho khủng bố vào năm 2002, và danh sách các nhóm có vấn đề về di trú vào năm 2004. Nhưng Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ chưa đưa Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan vào danh sách các tổ chức khủng bố nước ngoài, và xem tổ chức này đã hợp tác với Taliban và al-Qaida để chống lại quân đội Hoa Kỳ đang có mặt tại Afghanistan.
Vẫn theo Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ, lãnh tụ Makhsum của tổ chức này đã bị giết vào năm 2003, trong các cuộc càn quét nhắm vào các địa điểm có al-Qaida ở miền tây Pakistan.
Tại Singapore, chuyên viên Rohan Gunaratna ((PRON: ROO-HAN GOO-NA RAT-NA)) thuộc Trung tâm Nghiên cứu Khủng bố và Bạo động cho biết: trước khi lãnh tụ Makhsum bị giết chết, Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan là một nhóm có tổ chức rất tốt.
Ông nói tiếp: “Hassan Makhsum bị các lực lượng Pakistan giết vào năm 2003 và sau đó Pakistan thông báo cho Hoa Kỳ và Trung Quốc biết tin này. Trung Quốc xác nhận người bị giết chính là Makhsum, dựa trên kết quản DNA.”
Chuyên viên Gunaratna nói rằng mặc dù bây giờ số thành viên của Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan không đông như lúc trước, nhưng họ vẫn có những hoạt động đáng kể về mặt tuyên truyền.
Ông cho biết tiếp: “Từ đó đến nay, họ thường hoạt động chung với al-Qaida và Liên hiệp Hồi giáo Thánh chiến, thay vì hoạt động với tư cách là một tổ chức riêng biệt.”
Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan lại gây chú ý trong dư luận tại Olympic Bắc Kinh 2008 vì thực hiện nhiều vụ khủng bố ở Tân Cương và cho nổ nhiều xe buýt tại Thượng Hải và Vân Nam. Lần đó, họ lấy tên là Đảng Hồi giáo Turkestan.
Trong một đoạn video phổ biến vào lúc đó, nhóm này dọa sẽ có thêm các vụ khủng bố nhân dịp có Olympic, thậm chí còn dọa sẽ có khủng bố sinh học. Tuy nhiên, chẳng hề có chuyện đó, và nhà chức trách Trung Quốc khẳng định các vụ nổ xe buýt không do Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan thực hiện.
Năm 2009, Bộ Tài chính Hoa Kỳ đưa vào sổ đen Abdul Haq, lãnh tụ hiện thời của tổ chức này, gọi ông ta là một kẻ khủng bố giết người không gớm tay. Bộ Tài chính Hoa Kỳ nói rằng tổ chức này đã tìm cách gây bạo động tại Olympic Bắc Kinh 2008; và trước đó, vào năm 2007, lãnh tụ Haq đã gửi người qua Trung đông để xin tài trợ và mua chất nổ để đánh vào các mục tiêu Trung Quốc ở bên ngoài Hoa lục.
Trong một cuốn sách viết về Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan, hai tác giả J. Todd Reed và Diana Raschke nói rằng mặc dù nhiều vụ khủng bố mà tổ chức này nhận trách nhiệm có nhiều điểm nghi ngờ, ít ra họ cũng thực hiện một vài vụ trong khoảng thời gian có Olympic Bắc Kinh.
Vì có nhiều người nghi ngờ về hoạt động của Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan nên rất khó biết chắc năng lực thực sự của tổ chức này, thậm chí có người còn cho rằng tổ chức này bây giờ không còn nữa.
Báo cáo của bộ Ngoại giao Hoa Kỳ nói rằng sức mạnh của tổ chức này rất khó biết nhưng cả Hoa Kỳ và Trung Quốc đều nhìn nhận tổ chức có thực hiện một vài vụ khủng bố bên trong và bên ngoài Trung Quốc.
Giáo sư Dru Gladney ở Manila, một người có nghiên cứu về sắc tộc Uighur và tỉnh Tân Cương, cho biết:
“Không có thông tin độc lập nào đáng tin cậy để biết được về tổ chức này, cho nên trong giới học thuật, nhiều người tin rằng cái tên Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan chỉ là bình phong để gọi nhiều nhóm nhỏ hoặc nhiều cá nhân lẻ tẻ hợp lại, để cho thấy đây là một tổ chức mạnh.”
Hoa Kỳ biết về tổ chức này phần lớn là nhờ những người bị giam ở vịnh Guantanamo. Chuyên viên Gunaratna ở Singapore nói rằng chính nhờ những người bị giam này mà Hoa Kỳ biết nhiều về Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan.
Ông nói tiếp: “Hoa Kỳ biết đầy đủ về liên hệ giữa tổ chức này và al-Qaida, biết đường lối, chủ trương, và hoạt động của tổ chức vì một số thành viên của họ bị bắt ở Pakistan và Afghanistan được giao cho Hoa Kỳ cầm giữ. Hoa Kỳ đưa họ đến vịnh Guantanamo để điều tra và thẩm vấn.”
Phần lớn các thành viên của tổ chức này đã được Hoa Kỳ trả tự do. Giáo sư Gladney ở Manila có nhận xét về sự kiện này:
“Vì hầu hết những người Uighur bị giam ở Guantanamo đều được thả nên chúng ta có thể kết luận ra Hoa Kỳ đã xác định những người này không thuộc bất kỳ tổ chức khủng bố nào.”
Chuyên viên Gunaratna ở Singapore nói rằng dù Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan có thể là tổ chức yếu kém và lỏng lẻo, đây vẫn là một tổ chức đáng nói tới.
Cho tới giờ này, chưa ai nhận trách nhiệm về vụ tấn công tuần trước tại thành phố Kashgar thuộc miền tây tỉnh Tân Cương.
Chuyên viên Gunaratna cho rằng nhóm tấn công này phần lớn được gợi nguồn cảm hứng từ Phong trào Hồi giáo Đông Turkestan, và có lẽ đã có một hoặc hai thành viên của tổ chức này tham gia. Nhưng ông nói điều này chỉ có thể biết rõ ràng khi nhà chức trách Trung Quốc hoàn tất cuộc điều tra.