Tại Indonesia, các vụ tấn công nhắm vào những tôn giáo thiểu số đã gia tăng trong những năm gần đây. Hầu hết những vụ bạo động được châm ngòi bởi các phần tử chủ chiến Hồi giáo phản đối việc xây cất nhà thờ Cơ đốc giáo trong các khu vực Hồi giáo, việc tín đồ Hồi giáo cải đạo sang Kitô giáo, và giáo phái Hồi giáo Ahmadihah được phép hành đạo.Dự luật khoan dung nhằm mục đích giảm bớt sự hiềm khích này bằng cách đặt ra giới hạn đối với các nhóm và những hoạt động tôn giáo gây tranh cãi. Tuy nhiên các tổ chức nhân quyền nói rằng biện pháp này chỉ làm cho quyền của các tôn giáo thiểu số bị hạn chế, và vì vậy sẽ tạo thêm mâu thuẫn.
Bà Elaine Pearson của tổ chức nhân quyền Human Rights Watch nói rằng sự kiện dự luật khoan dung được soạn thảo bởi Bộ Tôn giáo, là bộ đã hô hào cấm giáo phái Ahmadiyah hoạt động, là một nguyên do gây lo ngại. Bà Pearson nói rằng dự luật này làm gia tăng sự tách biệt giữa các tôn giáo qua việc làm cho các tôn giáo thiểu số khó khăn hơn trong việc xây dựng nơi thờ phượng nếu không có sự chấp thuận của các tôn giáo chiếm đa số.
Bà Pearson nói: "Lo ngại của chúng tôi là loại đề nghị này chỉ đào sâu sự phân biệt đối xử đối với các tôn giáo thiểu số bằng cách trên cơ bản tập trung lại những nghị định khác nhau về các nơi thờ phượng chống lại giáo phái Ahmadiyah và các quy định khác vốn được dùng để gạt ra rìa một số nhóm tôn giáo."
Mặc dù 200.000 tín đồ Ahmadiyah ở Indonesia tự xem họ là người Hồi giáo, họ không được Hồi giáo dòng chính chấp nhận bởi vì họ không tin Tiên tri Mohammad là đấng tiên tri cuối cùng.
Bà Ruby Kholifah của tổ chức đối thoại liên tôn có tên gọi là Mạng lưới Hành động Hồi giáo Á châu lo ngại rằng một điều khoản của dự luật này cấm giảng dạy về giáo phái thực chất là một luật cấm giáo phái Ahmadiyah. Bà Kholifah nói rằng chính phủ nên chú trọng vào việc bảo vệ các nhóm tôn giáo và không nên phán xét giáo lý của bất kỳ đạo nào.
Bà Kholifah nói: "Việc bảo vệ cần được phản ánh rõ ràng trong dự luật khoan dung thay vì bàn luận đến chuyện liệu Ahmadiyah đúng hay sai. Đó không phải là lãnh vực của chúng ta. Chúng ta hãy để cho Thượng đế phán xét Ahmadiyah đúng hay sai."
Bà Musdah Mulia là một giảng viên tại Trường đại học nhà nước Hồi giáo ở Jakarta và là chủ tịch của Hội nghị Tôn giáo và Hòa bình Indonesia. Bà nói rằng dự luật này đi ngược lại với sự bảo vệ của hiến pháp đối với tự do tôn giáo và các nguyên tắc Pancasila, là nguyên tắc để lập ra một nước Indonesia thống nhất và dân chủ.
Bà Mulia nói: "Dự luật này không tương hợp, nhiều điều khoản của dự luật này không tương hợp với những nguyên tắc dân chủ, đa nguyên và nhân quyền. Theo tôi thì nó không phù hợp với nguyên tắc Pancasila."
Bà Mulia nói tiếp rằng thay vì giới hạn các hoạt động tôn giáo, chính phủ nên bảo đảm rằng mọi tôn giáo đều được đối xử công bằng.