Cảnh sát đã bắn lựu đạn cay vào những người trung thành với ông Morsi và những người này đã trả đũa bằng cách dùng gạch đá ném lại.
Giao tranh bùng ra khuya thứ hai và kéo dài cho tới sáng thứ ba, phần lớn là ở trung tâm thành phố Cairo. Những người biểu tình cũng ngăn chặn Quảng trường Ramses và một cây cầu ở Cairo.
Ông Essam al-Feqy, một người ủng hộ ông Morsi, cho biết nhiều người biểu tình bị thương.
"Họ bắn lựu đạn cay, và như quí vị đã thấy, những tay côn đồ theo phe họ dùng đá ném vào chúng tôi. Họ bắt đầu nã đạn vào chúng tôi. Có rất nhiều người bị thương. Chúng tôi chỉ có gạch đá để tự vệ."
Đây là những vụ đụng độ đầu tiên ở Cairo kể từ khi các lực lượng an ninh bắn chết mấy mươi người ủng hộ ông Morsi hôm thứ hai tuần trước.
Những người ủng hộ ông Morsi thực hiện một cuộc biểu tình ngồi lỳ bên ngoài Đền thờ Rabia el-Adawiya trong khu Nasr City của thành phố Cairo, một cứ địa của phong trào Huynh đệ Hồi giáo của ông Morsi.
Các nhân vật lãnh đạo phong trào tuyên bố họ sẽ tiếp tục xuống đường biểu tình cho tới khi nào vị tổng thống Ai Cập đầu tiên được bầu lên một cách dân chủ này được phục chức.
Trước đó trong ngày thứ hai, Phó Bộ trưởng Ngoại giao Hoa Kỳ William Burns đã gặp gỡ các nhà lãnh đạo của chính phủ lâm thời do quân đội lập ra ở Cairo.
Ông Burns tuyên bố Hoa Kỳ sẽ không tìm cách áp đặt mô hình dân chủ của mình lên Ai Cập và Washington nhận thức được là chỉ có người Ai Cập mới có thể định đoạt tương lai của đất nước mình.
"Tôi biết là nhiều người Ai Cập có những mối nghi ngại về Hoa Kỳ và tôi biết là con đường trước mắt không có gì là gọn gàng hay dễ dàng cả. Sự thật là chỉ có chính người Ai Cập mới có thể thực hiện những sự lựa chọn khó khăn để xây dựng một tương lai dân chủ, khoan dung và bao gồm nhiều thành phần. Nhưng trong lúc người Ai Cập thực hiện những sự lựa chọn đó, tôi cũng biết rằng họ sẽ tìm thấy một đối tác vững mạnh ở Hoa Kỳ."
Cả phe ủng hộ ông Morsi lẫn phe chống đối ông đều chỉ trích chính phủ của Tổng thống Barack Obama vì những điều mà họ nghĩ là sự ủng hộ của Washington dành cho phe bên kia.
Tổng thống lâm thời Adly Mansour đã đề ra một thời biểu cho việc tổ chức các cuộc bầu cử để bầu tổng thống và quốc hội. Tuy nhiên, nhóm Huynh đệ Hồi giáo tuyên bố họ sẽ không tham gia chính phủ lâm thời.
Ông Morsi bị giam giữ tại một địa điểm không được tiết lộ kể từ khi bị lật đổ, trong lúc một số thành viên cao cấp của Huynh đệ Hồi giáo cũng bị câu lưu. Giới hữu trách chưa truy tố vị cựu tổng thống này, nhưng họ cho biết họ đang điều tra nhiều cáo giác chống lại ông, trong đó có tội làm gián điệp và tội làm cho kinh tế đất nước bị suy sụp.