Các giới chức quân đội Pakitsan nói rằng một thiếu tướng đang bị điều tra vì có liên hệ đến tổ chức Hizb-ut-Tahrir bị cấm và một cuộc điều tra về những hoạt động của ông đang được tiến hành. Phát ngôn viên quân đội Pakistan, Trung tướng Athar Abbas xác nhận tin tướng Ali Khan bị câu lưu. Tướng Abbas nói rằng thật là điều sai lầm khi liên kết vụ câu lưu này với những tổ chức cực đoan như al-Qaida hay Taliban.
Tổ chức Hizb-ut-Tahrir, đã chính thức từ bỏ bạo lực nhưng vẫn bị coi là cực đoan vì những quan điểm chính thống, đòi trở lại với hình thức chính phủ Hồi giáo cho một quốc gia Hồi giáo duy nhất trên toàn thế giới được cai trị bằng luật Hồi giáo.
Tổ chức này, đã bị cấm ở Pakistan, lại hoạt động công khai ở nhiều quốc gia Tây phương, kể cả Hoa Kỳ, là nơi mà luật lệ về quyền tự do ngôn luận vẫn bảo vệ cho họ.
Phát ngôn viên quân đội Pakistan đã nêu lên một điểm là cuộc điều tra hoàn toàn riêng rẽ, không liên hệ gì đến những cáo trạng mới đây về các giới chức Pakistan khác bị câu lưu do hệ quả của vụ đột kích ngày 2 tháng Năm hạ sát bin Laden tại Abbottabad.
Theo tin từ gia đình cho biết, tướng Ali Khan đã bị quân đội câu lưu chỉ mấy ngày sau khi xảy ra vụ đột kích hạ sát bin Laden
Nhiều người chỉ trích, kể cả quốc tế lẫn quốc nội, nói rằng quân đội Pakistan đã bị những tổ chức cực đoan xâm nhập sâu rộng, khiến người ta ngờ vực về tính trung thành của tổ chức quân đội nước này đối với nỗ lực chống khủng bố quốc tế.
Nhưng một cựu tướng lãnh Pakistan, hiện nay là nhà phân tích Talat Masood, nói rằng sau vụ đột kích hạ sát bin Laden, quân đội Pakistan chú ý nhiều đến dư luận thay vì thực sự từ bỏ cảm tình với phe cực đoan.
Ông nói: "Giới lãnh đạo quân đội và tình báo dường như quan tâm nhiều hơn đến hình ảnh của họ, điều đó là không nên, vì đường lối hay nhất để duy trì hình ảnh tốt đẹp là tìm cách đối phó, sửa đổi những yếu kém nếu có, ngay lập tức, thay vì che giấu qua việc đánh bóng để giữ một hình ảnh đẹp. Quí vị không thể kiến tạo một hình đẹp mà trên thực tế lại không như vậy. Theo tôi, đây là diều rất quan trọng. Và thật là một lầm lỗi rất lớn nếu như chúng ta cứ tìm cách che đậy những yếu kém của chúng ta thay vì nhìn thẳng vào sự thực. "
Các giới chức quân đội Pakistan một mực nói rằng họ đang làm hết sức để chống lại bạo lực, nhưng thường lại miễn cưỡng không muốn nhận là có vấn đề trong nội bộ, và thường chỉ muốn nêu lên những hoạt động quân sự dọc theo biên giới với Afghanistan.